Санитарно – хигиенската дејност во ЦЈЗ-Битола ја обавува одделението по хигиена и здравствена екологија  во Битола, Ресен и Кичево преку:
  • следење, спроведување и предлагање мерки за снабдување на населението со безбедна вода за пиење во градовите и селските населби;
  • санитарен надзор над објектите за водоснабдување, над извориштата и нивната околина во санитарните зони;
  • следење на здравствената исправност на водата за пиење со бактериолошки и санитарно-хемиски анализи;
  • изготвување годишен Извештај со проценка на ризик за безбедноста на  водата за пиење и водоснабдувањето во регионот;
  • следење на отстранувањето на цврстите и течни отпадни материи,надзор над објектите и локациите за отстранување и крајна диспозиција на отпадните материи;
  • следење на санитарно-хигиенскиот квалитет на површинските води (на водите од Преспанско Езеро,Акумулација Стрежево, Река Црна и Река Драгор )  од санитарно- здравствен и еколошки аспект;;
  • испитување на индустриски и санитарни отпадните води ;
  • издавање на стручно мислење за факторите на ризик присутни во животната средина врз база на извршените лабараториски испитувања;
  • изготвување годишен Извештај со проценка на здравствено-еколошки ризик од загадувањето на површинските води;
  • следење на состојбата на загаденост на воздухот од санитарно- здравствен и еколошки аспект преку месечните извештаи на Министерството за животна средина и просторно планирање и извршените анализи на аероседиментот во Битола и Кичево ;
  • изготвување годишен Извештај со проценка на ризик од влијанието на загадениот воздух врз здравјето  на населението;
  • предлагање мерки за заштита на воздухот од загадување;
  • следење на нивото на комуналната бучава во Битола и Кичево;
  • изготвување годишен Извештај со проценка на ризик од влијанието на комуналната бучава врз здравјето  на населението;
  • предлагање мерки за редукција на комуналната бучава;
  • санитерно- хигиенски надзор  над  предучилишните и училишни објекти, стопански ,трговски  и здравствени објекти;
  • мерење на осветленоста и чистотата на воздухот во училници ;
  • изготвување на иформација со проценка  на ризик од санитарно-хигиенската состојба во училишната средина врз здравјето на учениците;
  • следење и проучување на исхраната во детски градинки, дом за средношколска и студентска младина;
  • изготвување годишен Извештај со проценка на ризик од исхраната на испитуваните категории на население;
  • следење  ухранетоста на школски деца ( во прво,петто одделение и прва година во средно школо) со анкетирање и антрополошки мерења;
  • изготвување годишен Извештај со проценка на ризик од ухранетоста на испитуваните категории на население и предлагање мерки за превенција од можниот ризик;
  • следење и проучување на болничката исхрана во болничките установи;
  • изготвување на годишен Извештај со проценка на ризик од исхраната на болните во стационарните установи;
  • следење на безбедноста на храната  и предметите за општа употреба со бактериолошки, хемиски и токсиколошки анализи;
  • следење на состојбите во објектите за производство и промет на храна и во објектите за јавна исхрана;
  • следење и проучување на хигиенските услови во работна средина;
  • изготвување на годишен Извештај  со проценка на ризик за безбедноста на храната која ја консумира населението;
  • склучува договори со странки за вршење анализи на храна, вода и предмети за општа употреба;
  • земање мостри за анализа према договорот за испитување и/или барањето на странката;
  • земање мостри за анализа за потребите на Дирекцијата за храна и Државната санитарна и здравствена инспекција;
  • прием и евидентирање на мострите за анализа;
  • издавање на стручно мислење од испитувањето на мострите врз база на резултатите од анализите;
       За сите активности предвидени со Програмата за превентивна здравствена заштита во Република Македонија и добиени резултати редовно се информирани Министерство за здравство  преку Дирекција за храна и Државен и здравствен санитарен инспекторат, ИЈЗ Скопје како и собранијата на општините Битола, Ресен, Кичево и Демир Хисар како и ново формираните  општини.
       Лабораториска дејност
       Во тек е постапката за акредитација на хемиската лабораторија и лабораторијата за санитарна микробиологија.
– анализите на вода за пиење се вршат во согласност со Правилник за безбедноста на водата за пиење
– анализите на површинските води и отпадните води се вршат спрема Уредба за класификација на водите;
– анализите на храна и предмети за општа употреба се вршат според постоечката законска регулатива.