Микробиологијата со паразитологијата како медицинска гранка ја проучува етиологијата на инфекциите, ја усмерува антибактериската терапија и ја обработува методологијата и нивната специфична дијагностика.
Одделението за микробиологија со паразитологија Битола и Отсекот по микробиологија во Кичево, функционираат во рамките на ЈЗУ Центар за јавно здравје Битола. Тие вршат јавно здравствена и специјалистичка микробиолошка дејност за населението во регионот на Битола, Кичево, Ресен и Демир Хисар. Микробиолошката дејност во рамките на своето делување ги обавува следните задачи:
- поставување на етиолошка дијагноза на заразни заболувања;
- микробиолошки и паразитолошки анализи за ретроспективни епидемиолошки испитувања;
- контрола на преземени мерки (стерилизација, антибиограм, имунизација, ефекти од лекување и друго);
- микробиолошки прегледи на лица кои доаѓаат од земји каде има маларија, колера или др. заболувања, за кои испитувањата се задолжителни со закон;
- микробиолошки испитувања на вода за пиење, површински води, животни намирници, предмети за општа употреба и работни услови за производство и промет на животни намирници;
- обезбедува вирусолошка дијагностика на одделни заразни заболувања, како и дијагностика при епидемиолошки испитувања;
- учествува во наставна едукација – практичен дел по предметот микробиологија со паразитологија на ученици од Средно Медицинско Училиште Битола и студенти од Високата Медицинска Школа;

Одделението по микробиологија е составено од следните отсеци:
Во склоп на овој отсек работат:
- лабораторија за ентеро инфекции и генито уринарни инфекции;
- лабораторија за респираторни и интрахоспитални инфекции;
- оддел за припремање на бактериолошки подлоги, садомијална и стерилизација;
- оддел за прием на материјали и издавање на резултати.
Доктори-специјалисти по микробиологија: 5 доктори
Инженер по биологија: 1 инженер
Здравствени работници со Виша медицинска школа: 3 работници
Стручни соработници (ВШС): 4 работници
Медицински работници (Медицинско училиштe): 6 работници
Работник со НСС: 1 работник